In september 1794 trokken de Fransen opnieuw de Republiek binnen, ditmaal onder leiding van generaal Pichegru. De gevolgen waren voor Oosterhout veel ingrijpender dan tijdens de eerste inval. Er werden soldaten ingekwartierd in 122 huizen. De Fransen eisten forse leveringen van hooi, stro en (koe)beesten. De Fransen gedroegen zich meer als overwinnaars dan als bevrijders. Ondanks protest van de gereformeerde gemeente werd de Sint-Jan gevorderd en gebruikt als ‘tot berging van krijgsbehoefte’. Hierbij werd het interieur beschadigd. Uiteindelijk versloegen de Fransen de troepen van stadhouder Willem V, die naar Engeland vluchtte. Op 16 mei 1795 werd er een vredesakkoord getekend. Hierbij werd Brabant teruggeven aan de nieuwe Bataafse Republiek. Brabant zou in deze nieuwe Republiek een jaar later als gelijkwaardig gewest toetreden tot de Staten- Generaal.